基于自编译镜像运行 LAMMPS 计算
本文旨在为用户介绍如何使用智算平台编译自己的镜像后运行 LAMMPS 计算。
前提条件
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已经获取控制台账户和密码。
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已完成实名认证且账户余额大于 0 元。
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平台已创建有可用的用户目录。
操作步骤
创建容器实例编译并保存镜像
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登录控制台，默认进入 AI 计算平台。
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在左侧导航栏中，选择容器实例，进入容器实例页面，点击创建容器实例。
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在创建容器实例中，根据如下要求配置各项参数，点击创建。
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镜像：选择应用镜像中的oneapi，并选定hpc1-dockerhub.coreshub.cn/public/public/oneapi:2024。 -
其他参数，根据实际情况进行设定即可。
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等待容器实例创建完成，且状态为
运行中，点击该实例的更多访问 > web 连接。
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在 web 连接窗口中，输入如下命令，克隆 Lammps 源代码至容器实例。
git clone https://github.com/lammps/lammps.git
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依次执行如下操作，使用 MPI 进行编译。
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进入
/lammps/src目录。cd /lammps/src -
执行如下命令，进行编译，并等待编译完成。
make mpi
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执行如下命令，将可执行
lmp_mpi文件移动至/usr/bin目录下。scp lmp_mpi /usr/bin说明 -
若有其他需要计算使用的文件也可以拷贝到
/usr/bin目录中。 -
如需变动的或者超大的计算文件，可在之后放到文件存储中。
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关闭 web 连接窗口，返回容器实例列表页面，点击目标实例操作列中的保存镜像。
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在弹出的保存镜像窗口中，配置镜像仓库和标签，点击确定即可。
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镜像仓库：-
若已有镜像仓库，则直接选平台内可用的仓库即可。
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若无可用仓库，则需点新建镜像仓库，输入镜像仓库名称即可。
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标签：针对当前镜像的标签，用户自定义即可。
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在左侧导航栏中，点击镜像仓库，选择自定义镜像仓库，可查看到上一步保存的镜像已显示在列。
利用自定义镜像进行 LAMMPS 运算
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延续上述步骤，在左侧导航栏，点击存储与数据服务，将 in.lj 文件上传到平台上已有的文件存储 EPFS中。
in.lj 文件内容如下，用户可自行创建后上传至存储服务，或点击此处下载完整文件。
# 3d Lennard-Jones melt units lj atom_style atomic lattice fcc 0.8442 region box block 0 80 0 160 0 160 create_box 1 box create_atoms 1 box mass 1 1.0 velocity all create 1.44 87287 loop geom pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 neighbor 0.3 bin neigh_modify delay 5 every 1 fix 1 all nve run 100 -
在左侧导航栏中，选择分布式任务，进入任务列表页面，点击创建训练任务。
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在创建训练任务页面中，根据如下要求配置各项参数，点击确定。
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框架：选择Mpi。 -
镜像：选择自定义镜像，并选定前文编译并保存好的镜像文件。 -
存储与数据：选择上传有 in.lj 文件的用户目录即可。 -
启动命令：本实践中的启动命令为：mpirun lmp_mpi -in /root/epfs/in.lj。注意 本实践中直接将
in.lj文件上传至文件存储的根目录中，故此处文件所在路径为/root/epfs/in.lj。若用户上传至了其他文件夹中，则需根据实际情况进行修改。 -
计算资源：若选择 CPU 计算，则需 2 个节点，其他资源类型一个节点即可。本实践中选择CPU计算，节点数量为2。 -
其他参数，根据实际情况进行设定或保持默认即可。
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等待训练任务完成，且状态为
已完成，点击任务名称/ID，进入训练任务详情页面。
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在训练任务详情页面，选择容器组页签，可查看到一个 launcher 节点和若干个 worker 节点。
说明 创建训练任务时选定的节点数量，即为当前 worker 的节点数。
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在详情页面，选择日志页签，即可查看运行结果。
